眼睛颜色由什么决定？基因、黑色素与光
虹膜颜色是色素、结构与光线共同作用的可见结果。
眼睛颜色是一个系统，不是一块色卡
你看到的颜色由虹膜色素、承载色素的微观结构和进入眼睛的光线共同形成。这些因素构成从浅蓝、灰、绿、榛色到深棕的连续谱。宽泛的颜色名称虽方便，却会把层次丰富的虹膜压缩成一个词。
黑色素决定大致色域
虹膜前层的黑色素是主要色素。棕色眼睛通常在这里有更多可见黑色素，蓝色眼睛则少得多。绿色、灰色和榛色来自中等含量、不均匀分布与光学效应，并不是眼内藏有绿色或蓝色染料。
许多基因共同调节色素
OCA2和HERC2中的调控区域对黑色素生成影响很大，但它们并非眼睛颜色的开关。大型遗传研究还发现了许多影响较小的位点。因此，“棕色显性、蓝色隐性”只是课堂上的简化说法，家庭中的颜色遗传可能超出预期。
虹膜结构改变视觉效果
纤维状基质会散射光线，隐窝、虹膜小环、放射纹、收缩沟和局部色素点则形成明暗与色区。瞳孔周围的暖色环、较冷的外圈或零散斑点，会让同属一个大类的两枚虹膜在特写中截然不同。
照片能测量什么，不能测量什么
在间接日光下拍摄的清晰照片可以测量该图像中可见的颜色比例与色素分布。它不能读取基因、计算黑色素分子或评估眼睛健康。比较时应使用相同的中性光、相机和曝光；若真实眼睛出现新的颜色变化，应咨询眼科专业人士。
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棕色眼睛一定对蓝色眼睛显性吗？
不一定。OCA2和HERC2影响显著，但还有许多遗传变异共同参与，单一的显隐性规则无法解释所有家庭。
两个蓝眼睛的父母会有棕眼睛的孩子吗？
这种情况少见，但复杂的遗传组合使其有可能发生。仅看父母的眼睛颜色无法知道孩子可能继承的全部变异。
蓝色或绿色眼睛含有蓝色或绿色色素吗？
虹膜的主要色素是棕色的黑色素。浅色主要由较少的黑色素、其分布以及虹膜组织对光的散射和反射形成。
照片能判断我的眼睛颜色基因吗？
不能。照片只能描述拍摄光线下可见的颜色与纹理。基因检测是另一种过程，而且基于DNA的颜色预测也只是概率。